食品生产小作坊需要办理的证件：

1、工商营业执照：到所在地工商行政管理局（所）办理工商营业执照。

2、健康证：到所在地疾病预防控制中心体检并办理健康证。

3、食品流通许可证：需带上身份证及复印件、健康证、房屋产权证（或租房合同）等资料到所在地食品药品监督管理局（所）办理食品流通许可证。

4、小作坊食品生产许可证：到所在地食品药品监督管理部门申请登记办理。

办理小作坊食品生产许可证需提供的资料

1、营业执照原件及复印件；

2、经营者的身份证原件及复印件；

3、经营者及从业人员健康证原件及复印件；

4、食品生产加工场所周边环境图、平面布局图（图纸需打印）；

5、食品生产主要设备、设施；

6、主要食品原辅料清单；

7、保证食品小作坊食品安全的规章制度；

8、执行的食品安全标准、地方标准或企业标准;

9、生活饮用水安全检测报告；

10、所加工食品的检验合格报告或者食品主要安全指标合格证明。

小作坊食品生产许可证办理主要有以下几方面困难：

1、生产场地：取食品生产许可证对生产场地的选址，工艺流程，要求人流物流要分开

防止交叉污染，配备消毒设备，通风系统，采光等都有严格要求。

2、生产人员：食品生产许可证审核,要求必须要有实验室,满足产品出厂检验要求。化验员执证上岗，所以需要企业自己去培训化验员.

3、设备设施：取证有明确的生产设备和检测设备要求.而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担.

以上就是小作坊食品生产许可证办理方面的问题，对比一般食品生产厂商可能具有一定的难点，最好请专业的人员来协助办理，才好少走弯路，节省时间。